From 72693c6cca58ba5f17cbe072765978020b794c7a Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Christian C Date: Tue, 27 Jan 2026 19:19:59 -0800 Subject: Simplification --- README.md | 63 +++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++---- 1 file changed, 59 insertions(+), 4 deletions(-) (limited to 'README.md') diff --git a/README.md b/README.md index 2c56d27..f10e8d2 100644 --- a/README.md +++ b/README.md @@ -1,10 +1,65 @@ ** Example Usage -```sh -for file in data/HT-*/; do ./run.sh `basename $file`; done +For the following labelling input structure +``` +data/ +├── test +│   ├── HT-A1 +│   │   ├── Label1.tif +│   │   ├── OtherLabel.tif +│   │   ├── NameMe.tif +│   │   └── A1.labels.tif[4].tif +│   └── HT-A2 +│   ├── Label.tif +│   ├── 2.tif +│   └── A2.tif +└── train + ├── HT-B1 + │   └── B1.labels.tif[0].tif + ├── HT-B2 + │   ├── B2.tif\ [1].tif + │   ├── B2.tif\ [2].tif + │   └── B2.tif\ [3].tif + ├── HT-C5 + │   ├── C5.tif\ [1].tif + │   ├── C5.tif\ [2].tif + │   └── C5.tif\ [3].tif + └── HT-J9 + └── J9.tif[1].tif ``` +Simply run: ```sh -mkdir -p output/small/ -./build/prog sample_data/small output/small/small.bin output/small/small.png +./buildall.sh +``` + +To get: +``` +output/ +├── test +│   ├── HT-A1.bin +│   ├── HT-A1.png +│   ├── HT-A1_seg.npy +│   ├── HT-A1.tif +│   ├── HT-A2.bin +│   ├── HT-A2.png +│   ├── HT-A2_seg.npy +│   └── HT-A2.tif +└── train + ├── HT-B1.bin + ├── HT-B1.png + ├── HT-B1_seg.npy + ├── HT-B1.tif + ├── HT-B2.bin + ├── HT-B2.png + ├── HT-B2_seg.npy + ├── HT-B2.tif + ├── HT-C5.bin + ├── HT-C5.png + ├── HT-C5_seg.npy + ├── HT-C5.tif + ├── HT-J9.bin + ├── HT-J9.png + ├── HT-J9_seg.npy + └── HT-J9.tif ``` -- cgit v1.2.1