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@@ -1,10 +1,65 @@ ** Example Usage -```sh -for file in data/HT-*/; do ./run.sh `basename $file`; done +For the following labelling input structure +``` +data/ +├── test +│ ├── HT-A1 +│ │ ├── Label1.tif +│ │ ├── OtherLabel.tif +│ │ ├── NameMe.tif +│ │ └── A1.labels.tif[4].tif +│ └── HT-A2 +│ ├── Label.tif +│ ├── 2.tif +│ └── A2.tif +└── train + ├── HT-B1 + │ └── B1.labels.tif[0].tif + ├── HT-B2 + │ ├── B2.tif\ [1].tif + │ ├── B2.tif\ [2].tif + │ └── B2.tif\ [3].tif + ├── HT-C5 + │ ├── C5.tif\ [1].tif + │ ├── C5.tif\ [2].tif + │ └── C5.tif\ [3].tif + └── HT-J9 + └── J9.tif[1].tif ``` +Simply run: ```sh -mkdir -p output/small/ -./build/prog sample_data/small output/small/small.bin output/small/small.png +./buildall.sh +``` + +To get: +``` +output/ +├── test +│ ├── HT-A1.bin +│ ├── HT-A1.png +│ ├── HT-A1_seg.npy +│ ├── HT-A1.tif +│ ├── HT-A2.bin +│ ├── HT-A2.png +│ ├── HT-A2_seg.npy +│ └── HT-A2.tif +└── train + ├── HT-B1.bin + ├── HT-B1.png + ├── HT-B1_seg.npy + ├── HT-B1.tif + ├── HT-B2.bin + ├── HT-B2.png + ├── HT-B2_seg.npy + ├── HT-B2.tif + ├── HT-C5.bin + ├── HT-C5.png + ├── HT-C5_seg.npy + ├── HT-C5.tif + ├── HT-J9.bin + ├── HT-J9.png + ├── HT-J9_seg.npy + └── HT-J9.tif ``` |